育种进展缓慢
在辣椒长期生产过程中涌现出的一系列地方特色良种,由于对提纯复壮重视不够,目前许多品种出现种性退化；辣椒是我国传统种植作物,农户自种自食比重较大,目前国内辣椒生产用种除部分为农户自留种子外,不少商品种子也是加工后的副产品,种子质量不高。
辣椒品种单一。适合辣椒深加工,如制作化工、医药和保健食品等原料的专用辣椒品种少,其他特色辣椒品种,如观赏型、品质型、生食水果型、保护地栽培型、特异环境抗性型品种也明显不足,制约了辣椒功能的开发与利用。
产业化经营水平低。我国的种子公司虽然数以百计,但经营规模小,年销售额在5000万元以上的寥寥无几。而国外种子销售额超过1亿美元的公司有10多家,其中美国先锋公司的销售额高达上千亿美元。
科技推广缓慢
国内辣椒生产栽培技术落后,管理粗放,一些种植户栽「卫生苗」、种「懒庄稼」,投入不足,导致辣椒单产低、品质差。
目前生产上缺乏辣椒专用肥,许多地区没有按照辣椒的需肥规律施肥,只重视氮肥施用,而忽视其他元素肥料,如磷、钾肥等的配施。
对主要辣椒病虫害的发生规律认识不清,防治措施不配套,综合防治水平低。在辣椒主产区,由于栽培面积不断扩大,轮作倒茬困难,连作或迎茬现象严重,导致辣椒疫病等土传性病害逐年加重,蚜虫和飞虱等虫害屡屡发生,直接影响了辣椒的产量和效益。
加工层次较低
加工企业数量多,但规模小,经济实力弱。我国的辣椒加工企业以小企业为主,企业小而多,牌子杂而乱,且加工设施简陋,技术落后,加工工艺原始,加工能力不足。目前,全国辣椒加工企业数以千计,但年销售收入上亿元的加工企业却寥寥无几,如贵阳「老干妈」这种产值超过10亿元的加工企业更是屈指可数。在发达国家,年产值上亿美元的辣椒加工企业却不少。
辣椒深加工明显滞后,产品附加值不高。 虽然我国辣椒加工企业数以千计,但受技术和资金等因素的影响,从事辣椒深加工产品开发利用的加工企业极为缺乏。以辣椒加工发展较好的贵州省为例,目前有辣椒加工企业100余家,辣椒制品产值数十亿元,但加工企业仍是以初级产品加工为主,辣椒深加工方面几乎是空白,辣椒真正的价值远未发挥出来。辣椒深加工滞后,既影响了辣椒产业效益的提高,又阻碍了基地规模的进一步发展壮大。
市场开拓不足
辣椒市场体系建设跟不上产业快速发展的需要。目前,我国已建成若干个年吞吐量上万吨的辣椒专业批发市场,但与每年3000多万吨的干、鲜辣椒产量相比,市场建设明显不足,市场覆盖面仍然较低,不少地方辣椒交易不便的问题依然突出。
目前已建成的辣椒专业批发市场,包括国内影响较大的几个大型辣椒专业批发市场在内,经营范围狭窄,大多以经营干椒为主,影响了辣椒产业向纵深方向发展。
市场信息网络建设滞后,管理较为粗放。市场服务系统不完善,服务功能不健全,辣椒生产与市场之间缺乏有效衔接,导致辣椒产业发展中的效益年际间波动很大,影响了辣椒产业的健康发展。
以近年来的干辣椒价格为例,价格低的年份仅6元/kg左右,高的年份在10元/kg以上甚至20元/kg，2007年在一些地方还出现了干辣椒价格超过猪肉价格的现象。市场价格的大幅度波动,加大了农民的投资风险，影响了农民种植辣椒的积极性。